Le anomalie cognitive che sottendono la schizofrenia suggeriscono una disfunzione nel sistema che genera e governa le rappresentazioni di alcuni eventi astratti (in particolare quelli mentali) nella coscienza.
I pazienti schizofrenici, per esempio, non sono più in grado di costruire le rappresentazioni delle loro intenzioni di agire. In seguito, se compiono azioni, le sentiranno come “venute dal cielo”, e quindi le vivranno come estranee. Il paziente che non ha coscienza dei propri obiettivi cesserà di agire spontaneamente e, di conseguenza, mostrerà una carenza di volontà. Studi di neuropsicologia umana e animale mostrano che, nella schizofrenia, i processi psicologici anomali possono essere riferiti a sottostanti sistemi cerebrali. Le interazioni tra la corteccia prefrontale e altre parti del cervello, in particolare la corteccia temporale, sembrano critiche per la costruzione dei contenuti della coscienza. Probabilmente, sono queste le interazioni alterate nella schizofrenia.